After Effects CS5～CS6は、ファイルを収集で収集したフッテージのリンクが切れて、ファイルがみつかりませんという警告が出る仕様(バグ？)になっています。
フッテージが見つからないときは不明なフッテージを右クリックし、フッテージの置き換えから収集したフォルダ内にあるリンクファイルを指定してリンクを再設定してやります。
ほかの不明なフッテージも同じフォルダ内にあるものは自動的にリンクが復元されます。
シンユー合同会社 代表 / モーションデザイナー
企業のマーケティングを支援する動画広告を専門に手掛け、プロモーション動画・店頭販促動画・採用動画の制作を多数担当。モーショングラフィックスを駆使し、視聴者の心をつかむクリエイティブを提供。After EffectsやPremiere Proなどの書籍の出版や、ZEN Study(旧N予備校)で講師も務める。