まず、実際に制作している作業画面を見てください。
ざっと見るだけでもAfter EffextsでCMを作るのがどういうことなのか理解できると思います。
Adobe After EffectsでのWEB CMの作り方の概念

Adobe After EffectsでのWEB CMの作り方の概念で作ったeneloop01

プロジェクトファイルのダウンロード(CS6)

これが商材のeneloop

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はじめてAdobe After Effectsを実践する前に知っておきたいこと